DTI pipeline_PANDA用户手册翻译 - 02 原始数据的准备

本文基于对崔再续博士的PANDA软件的用户手册的翻译,根据2016年的1.3.1版PANDA更新了图片和相关链接,并结合我的一些补充进行撰写。

2. 原始数据的准备

PANDA的输入可以为DICOM文件或NIfTI图像。

2.1 DICOM格式

第1步:为每一个被试准备一个文件夹(被试文件夹);

第2步:在每一个被试文件夹内,再创建一层子文件夹,每个子文件夹内放入该被试一次弥散加权成像(DWI)获得的所有DICOM文件(扫描获取文件夹)。

注意:

1) 在扫描获取文件夹中,仅允许放入DWI扫描获取文件;

2) 子文件夹的数量应当等同于DWI扫描获取的次数。即使只扫描了一次DWI,也必须在被试文件夹下创建一个子文件夹。

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比方说上图中有Lin、Qing、Zhang三个被试,每一个被试都创建了一个文件夹。在这个例子中,每个被试扫描了两次,所以他们的被试文件夹下均有两个子文件夹(例如Zhang文件夹下有DTI1和DTI2两个)。每一个子文件夹包含了一次DWI扫描获取的所有DICOM文件。到最后,我们是用被试文件夹(例如:Zhang)作为PANDA的输入。 PANDA将会计算Zhang文件夹下的子文件夹数目,清楚地知道这个被试扫描了几次。要注意的是,如果这个被试只扫描了一次,那么他的文件夹下也应当有一个子文件夹。

2.2 NIfTI格式

第1步:为每一个被试准备一个文件夹(被试文件夹);

第2步:在每个被试文件夹内,再创建一层子文件夹,每个子文件夹内放入该被试一次弥散加权成像(DWI)获得的三个文件(*bval*,*bvec*, and *.nii/*.nii.gz)(扫描获取文件夹)。

注意:

1) 子文件夹的数量应当等同于DWI扫描获取的次数。即使只扫描了一次DWI,也必须在被试文件夹下创建一个子文件夹;

2) 在每一个子文件夹内,必须有且仅有这三个文件;

3) b值文件必须命名为“*bval*”的形式(其中*是指任意其他字符,后同),b向量文件必须命名为“*bvec*”的形式;

4) 4D图像文件支持.nii和.nii.gz两种格式;

5) 如果用了MRIcron来把DWI数据的DICOM文件转为NIfTI格式,那么会创建三个文件,包含一个包含b值的纯文本文件、一个存有梯度磁场方向向量的纯文本文件(b向量文件)以及一个4D图像文件。这就是PANDA所需要的输入。

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比方说上图有Lin、Qing、Zhang三个被试,每一个被试都创建了一个文件夹,Zhang拥有两个子文件夹。在每一个子文件夹下,都有三个文件,分别叫作bvals、bvecs和sub.nii.gz。


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